정홍원 국무총리 후보자에 대한 인사청문회에서 초대 장관 내정자들의 자질, 인사편중 논란 등이 도마위에 올랐다. 정 후보자는 20일 국회에서 열린 인사청문회에서 장관 임명 제청권을 행사했냐는 질문에 "행사했다"고 답했다. 정부조직법 개정안이 통과되지 않은 상황에서 국무위원 제청권을 행사한 것이 현행법을 위반한 것 아니냐는 홍익표 민주통합당 의원의 지적에 정 후보자는 "고민을 했는데 새 정부 출범이 너무나 임박했다. 미룰 수 없는 사정이 있었음을 이해해주고 도와주셨으면 좋겠다"고 답했다. 정 후보자는 "정부조직법 개정안을 통과시켜주시면 이 사람을 장관에 맡기겠다는 뜻으로 해석해주시면 고맙겠다"고 덧붙였다. 인사에 특정대학, 특정 출신이 편중됐다는 이춘석 민주당 의원의 질타에 정 후보자는 "자질 위주로 선발하다보니 학교 이런 부분이 중복되는 경향으로 나왔다"며 이해를 구했다. 미국 CIA 자문위원으로 활동한 김종훈 미래창조과학부 장관 내정자가 장관에 적합하냐는 이상규 통합진보당 의원의 질문에 정 후보자는 "적합 여부를 떠나서 (CIA) 근무 여부가 결격사유인지 의문이 있다. 전체적인 사고와 삶을 보고 판단해야 한다고 생각한다"고 밝혔다. 정 후보자는"전체적으로 큰 그림으로 봐주셨으면 좋겠다"며 "김 내정자가 어떻게 나라에 도움이 되는 일을 하는지 지켜봐달라"고 말했다. 그는 "창조경제를 위해 나라 경제를 이끌 사람을 모아야 한다"며 "앞으로 (김 내정자가) 국가의 어떤 이익을 이끌 것인가 생각해 도와주면 좋겠다"고 당부했다. 전병헌 민주당 의원은 김병관 국방부 장관 내정자에 대해 "국방부 장관이 해외 무기업체에서 활동하고, 투기 및 증여세 미납 논란을 가진 것은 문제"라고 지적했다. 같은 당 민병두 의원은 현오석 경제부총리 내정자가 지난 2011년 저축은행 뱅크런이 일어날 당시 솔로몬저축은행에 예금했던 2억원을 영업정지되기 전 인출한 사실을 문제 삼았다. 이에 정 후보자는 "알고 그랬다면 비난 받을 일이지만 몰랐다면 다르게 볼수 있다"고 말했다. 장관 내정자들에 대한 질문에 대해 정 후보자는 즉각적인 답변을 피하면서 "본인이 억울한 사항이 있기 때문에 예단해서 말하기는 어렵다"며 "청문회에서 해명을 들어보고 판단해야 한다"고 밝혔다. 책임총리로서의 역할에 대해 정 후보자는 "책임총리는 총리에게 부여된 헌법의 의무를 성실하게 수행하는 것이라고 본다"며 "내각 간 조정을 잘하는 것이 중요하고 도출된 결론을 대통령께 보고해서 국정 지휘를 제대로 하도록 하는 게 중요하다"고 강조했다. 그는 "부처 간 칸막이 해소도 중요하다. 부처가 이기주의에 빠져서 국정 운영이 제대로 안 된 부분이 없지 않다"며 "이점을 철저히 감독하고 조정해서 국정 운영을 원활하게 하겠다"고 덧붙였다.