최근 청와대가 대검 중수부 폐지문제에 대해 존치의견을 밝혀 국회와 청와대 간의 갈등이 심화되고 있는 가운데, 김황식 국무총리가 7일 "중수부 존치 문제는 행정부에 맡겨달라"고 밝혔다. 김 총리는 이날 오전 국회에서 열린 경제분야 대정부질문에서 "과거 검찰 개혁 문제에 전혀 언급하지 않던 청와대가 이제와서 존치 의견을 내는 것이 온당한 처사인가"라고 추궁하는 한나라당 정태근 의원의 질의에 "중수부 존치 문제는 전체 틀에서 보면 행정부 내부의 조직에 관한 문제"라며 이같이 말했다. 김 총리는 또 "중수부 존치 여부 문제는 검찰권의 효율적인 행사를 위해 어떤 조직을 두고, 그 조직에서 어떤 업무를 관장하는가 하는 조직 구조 내지는 업무 분담에 관한 문제"라며 "그것은 정부에 맡기는게 좋고, 국회에서 그런 부분도 세세히 챙기는 것은 적절치 않다는 것이 행정부가 가진 기본적 입장"이라고 강조했다. 그는 이어 "검찰에 대해 여러가지 불평과 불만이 있을 줄 알지만 그런 부분에 대해서는 다른 방식으로 통제하고, 검찰권이 제대로 작동할 수 있도록 해야 한다"고 덧붙였다. 이에 정 의원은 "(중수부 존치를) 못마땅하게 생각하는 것이 아니라 국민이 불신하는 사법개혁 문제를 말하는 것"이라며 "어떻게 총리가 그 문제를 두고 불평, 불만이라 말할 수 있나. 총리는 말을 가려서 해야한다"고 강도 높게 지적했다.