주요기업의 상당수가 `신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 제도`를 활용하는데 어려움을 겪고 있는 것으로 나타났다. `신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 제도`는 기업의 신성장동력 및 원천기술 투자를 확대하기 위해 이 분야 R&D 투자에 대해서는 일반 R&D 세액공제율인 3~6%보다 높은 20%를(중소기업 30%) 적용해주는 것으로 정부가 올해 초부터 시행 중이다. 하지만 전경련이 R&D 투자 상위 30대 기업을 대상으로 만족도 조사를 실시한 결과 응답기업의 56%가 실제 제도 활용에는 어려움을 겪고 있다고 응답해 제도의 실효성을 높이기 위한 일부 조항의 보완 및 개선이 필요한 것으로 나타났다. 기업들이 가장 큰 애로사항으로 지적한 것은 신성장동력 및 원천기술 R&D 비용을 구분 회계해야하는 점(64%)을 꼽았다. 현재 기업들의 R&D 회계시스템은 일반적으로 제품 개발을 위한 `프로젝트` 중심으로 운영되고 있는데, `신성장동력 및 원천기술 세액공제 제도`는 해당 `기술`만을 별도로 회계 처리 하도록 규정하고 있다. 그러나 이를 위해서는 기업들이 기존의 회계시스템에서 해당 기술 투자 비용을 분리하기 위해 시스템을 재구축해야 하고, 규정상 신성장동력 및 원천기술을 위한 별도의 전담 조직까지 운영해야 함에 따라 기업들의 부담이 가중되는 어려움이 있다. 이에 전경련은 현행 제도 하에서 기업들이 신성장동력 및 원천기술 개발에 투자한 비용에 대해 보다 효율적으로 세액공제를 받을 수 있는 방안을 강구할 필요성이 있다고 언급했다. 또 응답 기업의 52%는 개발하려는 기술이 새로운 R&D 세액공제 대상이 되는 지를 사전에 알 수 없다는 점에서 어려움을 겪고 있다고 밝혔다. 기업이 투자하려는 특정 기술이 세액공제 대상이 되는 기술에 포함되는지를 사전에 확인 할 수 없어, 이미 투자가 이루어진 다음년도에 해당 기술에 대한 세액공제 신청을 하고 나서야 그 여부를 판별 받을 수 있다는 것은 문제라는 지적이다. 전경련은 산업의 특성상 융복합 기술을 R&D 산출물로 생산하는 업종의 경우에는 기술 분류가 더욱 어려워, 기업들은 세액공제에 대한 막연한 가능성에 의존해 투자를 할 수 밖에 없는 상황이라고 설명했다. 따라서 기업들의 R&D 투자에 대한 불확실성 해소와 투자 촉진을 위해 세액공제 여부를 사전에 판별 받을 수 있는 시스템을 구축해야 한다고 강조했다. 이밖에 전경련은 최근 기술의 융복합화와 급격한 발전으로 기업들이 외부의 R&D 자원을 활용하는 오픈 이노베이션을 활발히 수행하고 있다고 강조하며, 외부기관과 협력하여 신성장동력 및 원천기술을 개발하는 경우에도 세액공제 받는 대상에 포함시켜야 한다고 주장했다. 조사결과 기업의 88%는 신성장동력 및 원천기술 개발을 위해 대학, 연구소 등과의 협력 확대가 필요하다고 하였고, 이를 위해서는 `협력 R&D 비용에 대한 추가 세액공제 혜택`(68%), `협력 R&D 비용 일부에 대한 정부의 매칭자금 지원`(40%) 등이 필요하다고 응답하였다. 전경련은 협력 R&D에 대한 정부의 세제지원이 기업 R&D의 오픈 이노베이션을 촉진하여 산학연 협력 활성화에도 기여할 것이라고 주장했다.