윤석열 검찰총장이 추미애 법무부장관의 수사지휘권 발동에 대해 "중범죄를 저지른 사람들의 얘기 하나를 가지고 총장의 지휘권을 박탈하는 건 비상식적"이라는 입장을 밝혔다. 또 "검찰총장은 법무부 장관의 부하가 아니다"고 재차 강조했다.윤 총장은 22일 국회 법제사법위원회의 대검찰청 국정감사에서 윤한홍 국민의힘 의원이 추 장관의 수사지휘권 발동에 대한 입장을 묻자 "일단 법리적으로 보면 검찰총장은 법무부장관의 부하가 아니다. 만약 부하라면 검찰총장이라는 직제를 만들 필요도 없다"고 선을 그었다. 또 "장관은 기본적으로 정치인이기 때문에 (그렇게 되면) 검찰의 정치적 중립이나 사법의 독립과는 거리가 먼 얘기다"고 말했다. 이어 "대다수 검사들은 특정 사건에 대해 총장 지휘를 배제하는 것은 위법이라고 생각한다"며 "이 부분을 법적으로 쟁송 등을 통해 다툴 수도 있지만, 그러면 법무 검찰 조직이 너무 혼란스럽고 국민에게 피해가 가기 때문에 장관님과 경쟁하고 싶지 않은 것"이라고 밝혔다. 문 대통령이 자신의 임명 당시 "살아 있는 권력도 수사하라"고 말한 부분에 대해서는 "(대통령께서) 여전히 그렇게 생각하시리라 믿는다"고 덧붙였다. 또 살아 있는 권력을 수사한 검사가 인사상 불이익을 받는 부분도 우려된다고 밝혔다. 윤 총장은 여권 등에서 라임 부실 수사와 가족 관련 의혹을 이유로 자신의 거취를 압박하는 것에 대해 "어떤 압력이 있어도 소임을 다하겠다"며 사퇴 논란을 일축했다.