검찰이 MBC PD수첩 제작진과 작가의 e메일 등에 대해 압수수색을 벌인 것을 놓고 비난이 잇따르자 적극 해명에 나섰다. 검찰은 12일 `한국PD연합회 및 한국방송작가협회의 PD수첩 수사 규탄 성명에 대한 검찰의 입장`을 내고 "PD수첩 제작진이 관련 자료의 임의제출을 거부하는 상황에서 압수수색 및 통화내역조회는 수사를 위하여 불가피한 조치였다"고 반박했다. 특히 "법원도 수사 필요성을 인정해 영장을 발부했다"며 "법과 원칙에 따라 엄정하게 조사를 완료한 후 범죄혐의 유무를 판단하는 것이 옳다"고 강조했다. 이어 "현재 진행 중인 검찰 수사에 대해 언론탄압 운운하며 수사 중단을 요구하는 것은 바람직하지 않다"고 덧붙였다. 앞서 PD연합회는 `이성 상실한 검찰의 수사를 규탄한다`는 제목의 성명을 통해 "이메일·통화기록 압수수색은 유례없는 언론탄압과 인권유린"이라며 "권력의 하수인 노릇을 철저하게 수행하고 있는 검찰의 모습을 보며 분노를 금할 수 없으며 지금과 같은 검찰이라면 더 이상 존재 이유가 없다"고 주장했다. 방송작가협회도 "양심과 공익의 기준에 따라 프로그램을 집필한 작가들이 정치논리에 의해 고소·고발되는 것은 부당할 뿐만 아니라 후진적"이라며 "PD수첩에 대한 수사는 종결돼야 한다"고 강조했다. PD수첩 제작진과 작가 등은 최근 정운천 전 농림수산식품부 장관과 민동석 전 농림부 농업통상정책관에 의해 명예훼손 혐의로 고소당한 상태이다. 검찰은 지난 달 PD수첩 사건을 형사2부에서 형사6부로 재배당해 수사를 재개했으며, 최근 PD수첩 제작진과 작가들의 e메일과 전화 통화기록을 확인하기 위해 법원으로부터 압수수색 영장을 발부받아 집행한 바 있다.