오늘날 범죄는 세계적으로 다양화·지능화·복잡화되고 있다. 이러한 범죄추세에서 한정된 인력과 장비를 가진 검찰이 모든 범죄에 대하여 경찰수사를 지휘한다는 것은 현실적으로 불가능하다.그러나 실제 90% 이상의 형사사건을 취급하는 경찰의 수사개시·활동에 대해 한정된 인적자원을 가진 검찰이 일일이 지휘하는 것은 한계가 따른다. 일반국민의 입장에서 검찰이 경찰보다 더 공정하게 명확하게 수사할 것이라는 믿음으로 검찰에 직접 접수한 고소·고발사건 조차도 검찰은 대부분 그 일차적 수사를 일선 경찰서에 수사지휘의 형식으로 하달하고 있는 실정이다. 헌법이나 형사소송법에 두 기관이 상호협력하도록 명시하고 있는 규정은 없다. 검찰청법 개정 2011년 이전에는 경찰이 범죄수사에 대한 검사의 명령에 복종하도록 의무조항을 둠으로써 상명하복의 검사 지배적 수사구조임을 명백히 하고 있었다. 검사가 사건담당경찰관이나 그 결재권자를 검사실로 불러들여 사건을 설명하게 하거나 수사과정의 잘못을 지적하는 등의 관행이 지속되었던 것이다. 형사소송법은 경찰에 대한 영장집행의 지휘, 수사지휘 등 `검사의 지휘`라는 문구가 종종 등장한다. 법무부 소속인 검사가 행정자치부 소속인 경찰을 지휘하는 `수사기관에 의한 수사기관에 대한 지휘`인 것이다. 한 국가기관이 다른 국가기관을 지휘를 한다는 것은 그 다른 국가기관의 입장에서는 종속적 지위를 받아들이라는 것이라고 밖에 볼 수 없다. 경찰은 검사의 불기소처분에 재심을 요구하는 검찰항고의 주체가 아니기 때문에, 경찰이 기소의견으로 송치한 사건을 검사가 불기소처분한 경우에 불복할 방법이 없다. 국민들은 수사에서 누가 어떤 권한을 갖는지 보다는 자신과 관련된 사건이 얼마나 공정하게 처리되는지를 더 중요하게 생각한다. 수사와 관련된 검찰과 경찰의 갈등 및 대립의 피해자는 언제나 국민임을 명심 하여야 할것이다.