부산·울산의 본원과 경주 중수로 분원 형태로 원전해체연구소를 나눠먹기식으로 배분했다는 일부 보도에 대해서 산업통상자원부는 사실과 다르다며 해명을 내놓았다. 산업부는 11일 보도자료를 통해 원전해체연구소가 정부의 선심성 나눠먹기로 지역을 배분했다는 주장은 사실과 다르며, 원전해체의 안전성 및 관련 시설의 집적도, 산업육성 측면에서 최적입지를 결정하기 위해 전문가 및 지자체와 긴밀하게 협의하고 있는 사안이라고 밝혔다. 그러나 11일 부산시와 언론보도 등에 따르면 2400억 원이 투입되는 원전해체연구소를 부산과 울산 접경지역에 건설하기로 하고 다음주께 산업부와 부산시, 울산시가 원전해체연구소 건설 양해각서(MOU)를 체결할 예정이라고 밝혀 논란은 더 확대될 것으로 보인다. 특히 부산·울산과 함께 원해연 유치 경쟁을 벌였던 경주시는 경주가 배제된 이 같은 보도에 대해서 아직 공식적인 입장을 내놓지 않고 있다. 분원으로 불리는 중수로 해체연구소 유치에 대해서도 아무런 설명이 없다. 오는 15일 부·울·경 지자체장들이 원전해체연구소 건설 양해각서(MOU)에 참여할 것이라는 소문이 파다하지만 경주시는 15일 주낙영 경주시장 일정도 비공개로 일관하고 있어 궁금증을 더해주고 있다.  경주시 비서실 관계자는 "아직 시장 일정이 정해지지 않아 비공개로 해두었을 뿐"이라고 해명했지만 종전같으면 이미 시장 일정이 공개돼야 함에도 미루고 있는 것은 항간에 나돌고 있는 산업부의 해당 지자체장들과 원전해체연구소 건설 양해각서 체결과 무관하지 않다는 관측이 우세하다.