지난 2005년 경주시가 방폐장 유치지역으로 선정되면서 정부는 유치지역 지원사업으로 모두 55건 3조 4천350억원에 대한 사업을 최종 확정하고 지원을 약속했으나 현재까지 그 실적은 전체의 8.5%인 2천932억원에 그치고 있는 것으로 나타났다. 특히 지난해 정부는 유치지역위원회를 만들어 특별 대책반(T/F팀)을 구성하여 4차례 협의를 거쳤으나 아직까지 국비지원 확대에 대한 결론은 내리지 못해 정상적인 사업추진에 지장을 초래하고 있다. 새정부 출범이후 방폐장사업은 지식경제부, 양성자가속기사업은 교육과학기술부로 양분돼 소관부처가 불분명해 짐에 따라 국비지원 확대 문제도 표류하고 있는 실정이다. 23일 국회 과학교육기술위 한나라당 이철우(김천)의원에 따르면 방폐장 유치 당시 유치지역 지원사업에 대한 주민들의 기대가 컸던 만큼 현재 양성자가속기 건설과 관련사업이 국비지원 문제로 표류하고 있어 주민여론이 크게 악화되고 있다. 게다가 이 사업은 다른 국책사업과 비교해 국비보다 지방비 부담이 많아 재정이 열악한 자치단체의 재정압박을 가중시키고 있다. 국비 44.5%, 지방비 55.5%이다(재정자립도는 경북도 20.7%, 경주시 29.5%) 이와 관련 이 의원은 "방폐장 입지 선정당시의 인센티브로 제시한 국책사업이 오히려 지방재정 부담으로 작용하고 있는데, 방폐장 유치지역에 대해서는 지방비 부담보다는 국비 지원이 많아야 하는 것 아닌가"반문하고 "사업의 정상적인 추진을 위해 국비 확대를 해야 한다"고 말했다. 이 의원은 또 "사업비 가운데 지방비 1천604억원의 경우, 부지매입비 333억원, 기반시설비가 423억원이고, 나머지 848억원은 연구지원시설비로 되어 있다"면서 "연구시설지원비 848억원은 국가 R&D사업인데 당연히 국비로 지원되야 한다"고 주장했다. 한편 양성자가속기 사업은 경북 경주시 건천읍 일대 13마평 규모의 부지에 오는 2012년 완공 예정으로 진행되고 있으며, 지난해까지 국비 680억원 등 모두 1천257억원이 투입됐고, 올해는 국비 149억원 등 750억원이 지원됐다. 내년이후에는 국비 457억원 등 883억원이 지원될 예정이다. 총 사업비는 국비 1천286억원, 지방비 1천604억원 등 모두 2천890억원이다. 양성자가속기사업은 방사성 폐기물처리시설 건설 및 동해안 에너지클러스터 조성과 연계, 미래 첨단산업과 지역발전에 엄청난 파급효과가 기대되고 있다.