해저 약 2000m에서 솟은 용암이 굳어져 형성된 화산암으로, 신생대 3기 약 460만 년 전부터 250만 년 전 사이에 생성되었다. 최고봉은 168.5m로 산정이 뾰족한 원뿔형 모양으로 독도에서 가장 높고 가장 넓은 섬인 서도에 있다. 난류의 영향을 많이 받는 전형적인 해양성 기후로 여름철에 비하여 겨울철에 눈이 많이 내려 강수량이 많다. 연 강수량은 1,240mm인데 연중 고루 분포하여 일년 중 맑은 날이 겨우 57일에 불과하다. 겨울철(1월) 평균기온: 1℃ 여름철(8월) 평균기온: 23℃ 연평균 기온: 약 12℃다. 독도 주변 바다는 다양한 어패류와 해조류가 서식하여 우리나라의 주 어장으로 어패류로는 오징어를 비롯하여 명태, 대구, 문어, 새우, 전복, 소라, 해삼, 분홍성게, 보라성게 등 다양한 어패류가 서식한다. 독도는 경사가 급하기 때문에 토양층이 발달하지 못하였고, 비는 내리는 대로 흘러 내려가서 늘 수분이 부족하기 때문에 자생하는 식물의 종류가 적다. 그러나, 울릉도에서 씨앗이 날려 와 살게 된 70-80종의 풀과 나무가 있다. 바다제비, 슴새, 괭이갈매기, 황조롱이, 물수리, 노랑지빠귀 등 22종이 서식하며, 특히 바다제비, 슴새, 괭이갈매기 등의 번식지로서 이들의 번식지를 보호하기 위해 문화재보호법에 따라 천연기념물 제336호, 독도 해조류 번식지로 지정되었고, 1999년 12월 10일에는 문화재청 고시 제1999-25호로 독도 천연보호구역으로 지정되었다.